上海市口腔临床质量控制中心成立于2002年2月4日，挂靠于上海交通大学医学院附属第九人民医院。2024年上海市卫生健康委下达沪卫医［2024］118号文件，由上海交通大学医学院附属第九人民医院副院长王旭东同志担任上海市口腔临床质量控制中心主任，目前专家委员会成员共20人、主任顾问为周曾同教授。

上海市口腔临床质量控制中心下设三个分中心，由16个区的口腔质控小组组成。市口腔质控中心与16个区质控小组全面对接，全覆盖本市口腔专业。至2024年底，纳入监管的设置口腔科的医疗机构包括三级医院47所、二级甲等医院30所、二级牙防所11所、二级中医院12所、以及其他民营医院、门诊部、私人诊所等共1600余家单位。

二十三年来，先后开展了“口腔交叉感染”、“病史规范化”、“第二类口腔种植技术管理”及第三类“口腔颅颌面畸形颅面外科矫治技术”“口腔颌面部肿瘤颅颌联合根治术”限制性医疗技术临床应用质控管理三大战役，取得了较好的效果。

上海市口腔临床质量控制中心历年被上海市卫生健康委员会评为优秀质控中心，2021年至2023年连续三年获得国家口腔医学质量控制中心评分全国第一名。